Comme les spores du charbon du maïs peuvent survivre dans le sol, la rotation culturale est chaudement recommandée. La forte prévalence du charbon du maïs doit amener plus que jamais les éleveurs à réfléchir au choix variétal. Certaines variétés sont plus ou, au contraire, moins sensibles au charbon du maïs. Cette propriété est mentionnée dans les catalogues de variétés, ce qui permet à l’agriculteur de choisir de façon raisonnée. Dans des essais menés aux Pays-Bas, la variété SKANDIK de Syngenta est ressortie comme celle qui a le rendement VEM le plus élevé. Par ailleurs, cette variété s’est avérée la plus tolérante au charbon du maïs et au charbon des inflorescences.